Der Gründungsbau, der wahrscheinlich von Kaiserin Kunigunde gestiftet wurde, entstand zeitgleich wie der Heinrichsdom und wurde 1020 von Papst Benedikt VIII geweiht. Im 17. Jahrhundert wurde auf dem Grundriss eines griechischen Kreuzes in zwei Bauphasen das heutige Gotteshaus errichtet. Der Chorraum, 1628/29 von Giovanni Bonalino errichtet, weist dabei Elemente der barocken Neugotik auf. Die drei weiteren Kirchenschiffe, für die Antonio Petrini verantwortlich war, sind in einem stark an die Renaissance angelehnten Barockstil gebaut. Die Kunstwerke im Inneren spannen den Bogen vom Barock bis heute. Im angegliederten Stephanshof mit Räumlichkeiten für Kultur und Begegnung, finden regelmäßig Konzerte, Theateraufführungen und kulturelle Veranstaltungen aller Art statt.
Die Kirche, die dem Märtyrer Stephanus geweiht ist, erhebt sich auf dem östlichsten der sieben Hügel. Seit 1807 ist sie die evangelische Hauptkirche Bambergs.
